北京藏医院于1992年成立，由中国藏学研究中心和西藏自治区山南地区行署联合创建。1998年经中央统战部、国家民委、国家中医药管理局联合发文，决定把北京藏医院扩建为一所“以藏医为主，多民族医为一体，民族医、中西医结合、医教研结合的国家级民族医疗机构”。

北京藏医院的手术室在硬件建设方面属国内一流，完全符合国家级标准，可以开展各种大型的手术。2013年，北京藏医院有床位150张，在职接近200人，根据现代医院的发展要求，设立了重症监护病房，并配有多层螺旋CT、全数字X线摄像系统、进口MIR、C型臂血管造影机、彩色B超、全自动生化分析仪等大型医疗设备，成立了远程会诊中心。二期科研楼、制剂楼以及辅助配套工程正在筹建中。