黑龙江农垦总局总医院体检中心始建于1969年，目前已发展成为一所集医疗、教学、科研、预防、保健和急救于一体的大型综合性三级医院体检中心，也是黑龙江省、哈尔滨市、省农垦系统、铁路基本医疗保险定点医院体检中心和省工伤康复定点协作医院体检中心及省新型农村合作医疗定点医院体检中心、哈尔滨市城镇居民医疗保险定点医院体检中心。

黑龙江农垦总局总医院体检中心2011年，医院被评为“全国百姓放心示范医院体检中心”、黑龙江省“三好一满意十佳医院体检中心”、“群众满意医院体检中心”，2012年,体检中心被国家人力资源和社会保障部、卫生部、国家中医药管理局授予“全国卫生系统先进集体”荣誉称号，2014年被全国总工会授予“全国五一劳动奖状”。

黑龙江农垦总局总医院体检中心投巨资引进了大孔径3.0T核磁、16排螺旋CT机、256排螺旋CT机、大型数字血管机（DSA）、DR、高能医用直线加速器、等先进的诊断设备。