黑龙江省医院南岗院区座落在哈尔滨市南岗区果戈里大街，医院总建筑面积40000平方米，设有住院部、门诊部。医院设有心内一科、心内二科、神经内一科、神经内二科、呼吸内科、内分泌科、泌尿外科、普外科、脑外科、骨外科、周围血管病科、妇科、整形外科、医学美容科、眼科、耳鼻喉科等科室，皮肤性病科通过国家CDC验收，成为我省首家规范化性病示范门诊，担负着黑龙江省急重症抢救任务的黑龙江省急重症抢救中心也座落在南岗院区。

黑龙江省医院南岗分院拥有省内一流设施、温馨的住院病房，先进的物流传输系统，现代化网络管理系统，中央空调，中央监控、中心供氧、中心吸引、呼叫系统等。分院设备先进、齐全，如影像中心的开放式低场核磁共振数字减影血管造影机（DSA）、计算机体层摄影（CT）、计算机X线摄影（CR）、高智能型乳腺机、5 00mA胃肠机、500mA及 200mA大型 X光机。