昆明市第三人民医院成立于1954年，1986年更名为昆明市第三人民医院，2002年与“昆明市结核病防治院”合并，成为西南地区规模最大的传染病专科医院，2016年3月通过“三级甲等传染病专科医院”评审，是“云南省传染性疾病诊疗质量控制中心”和“昆明市传染性疾病医疗质量控制中心”，是昆明市政府举办的以传染性疾病诊治为重点，集医疗、教学、科研、社区卫生服务为一体的大型综合性传染病专科医院。医院是大理大学第六附属医院、昆明医科大学临床教学医院。

我院致力于建设国内一流的综合性传染病医院，为病友提供方便周到的人性化服务。成为全国结核病医院联盟和北京结核病诊疗技术创新联盟医院，是西南结核病医院联盟的副主委单位，是全国传染病医院管理创新学组的委员单位，有全省先进的“结核病内镜诊治中心”，在耐多药结核的诊治、中西医结合肺内外结核的治疗、肺结核及结核并发症的介入治疗、骨关节结核的外科治疗等方面达到国内先进水平。

医院有2个省级重点专科和1个省级重点专科培育项目、4个市级重点专科，设有1个昆明市市级研究中心和8个市级诊疗技术中心，是昆明市“突发公共事件传染病医疗救治中心”。 我院分为吴井、长坡两个院区，现有职工1056名，其中具备硕博学历的84人，高级职称119人，开设床位1000张，设有重症医学科、关怀科、骨科、普外科、胸外科、妇产科、麻醉科、呼吸科、心内科、内分泌科、老年肺病科、老年心脑血管疾病科、血液净化中心、介入导管室、预防保健与慢病管理体检中心、胸肺内镜中心、肺部疾病鉴别诊断中心、结核病临床检验中心、肝病综合科、肝病介入科、肝病免疫科、肝病消化科、性病与艾滋病科、感染性疾病及儿童传染科、检验科、医学影像科、超声功能科、药学部、营养科等临床及医技科室。