厦门长庚医院的医疗科室设置齐全,包括内科系统、外科系统、妇科、儿科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、检验、病理、影像等 32 余个临床和医技科室。医院重点发展具有国际前沿水准的人工耳蜗、唇腭裂、骨科关节重建、心脏介入治疗、医美整形等特色医疗项目,重点发展整合型医疗中心如颅颜中心、医美中心、整形中心、健检中心等。
厦门长庚是全国 20 所人工电子耳蜗定点手术医院之一,具备三级助产机构资质;是福建省最大医学院福建医科大学的教学基地、于金明院士指导平台之定点医院;目前设有内科、外科、妇产科、儿科、口腔科、耳鼻喉科、急诊科、皮肤科、麻醉科共 9 个住院医师规范化培训基地。